近年来，随着组学技术的迅速发展，这些技术成为生物医学研究者探讨机制的重要工具。机体表型的表达需要经过复杂的生命活动，基因突变、基因表达水平、蛋白质翻译后修饰及代谢变化等多种因素共同影响生命特征的变化。转录组分析反映细胞或组织在特定生物过程中的活跃基因表达情况，是连接基因组与蛋白组的重要桥梁。相比转录组，蛋白组更贴近生物体的功能状态，因为蛋白质是生物体中执行大多数生物功能的关键分子。转录组学捕捉基因的即时状态，而蛋白组学则展示了基因的最终表达。

MILE米乐提供的转录组与蛋白组联合分析方案，借助高通量测序技术，成为机制研究的优先选择。通过RNA-seq进行基因表达分析，推动相关分子机制的深度研究。然而，mRNA的表达并不能完全反映蛋白质的表达，翻译调控和RNA修饰等生物过程会影响表达，造成转录与蛋白质之间的差异。随着高分辨率质谱技术的发展，蛋白质组学更是成为揭示细胞功能与分子机制的有力工具，联合分析已成为高水平文章中的常见方法。

基于转录组和蛋白组的数据，MILE米乐可以系统地研究基因表达与蛋白质调控之间的相互作用和关系。通过转录组与蛋白组的联合分析，可以研究基因初始表达对蛋白形成的影响，以及挖掘基因表达产物对基因表达的反调控作用，深入了解其中复杂的分子关系。

研究内容

以下是转录组与蛋白组分析的框架：

• 转录组测序：
  • 差异基因火山图展示两组样品中的显著差异基因。
  • 差异基因热图展示不同样本的基因表达量变化。
  • 富集分析气泡图帮助归类基因，揭示其生物学信息。
  • 富集分析环状图及GSEA分析关注基因整体表达趋势。
  • KEGG网络图展现通路与基因的关系。
• 蛋白组分析：
  • 差异蛋白柱状图展示不同处理下的差异蛋白表达情况。
  • 差异蛋白质韦恩图展示整体蛋白的差异。
  • 富集分析气泡图展示不同处理下差异蛋白的功能。
  • PPI蛋白互作网络帮助发现差异表达蛋白的变化趋势。
• 联合分析：
  • 基于富集通路的共表达分析，筛选显著富集的目标通路。
  • 基于调控网络挖掘关键调控物质，展示不同物质间的调控关系。
  • 基于相关性分析筛选在转录与蛋白水平之间共表达的基因和蛋白。

文献案例

以下为两个不同领域的转录组与蛋白组研究案例，展示如何通过分析方案撰写高水平文章：

案例一：

研究主题：神经嵴衍生物的环境线索在胚胎神经母细胞瘤模型中充当转移触发因素

发表期刊：Nature Communications

研究内容：研究胚胎交感神经节和背根神经节外源性因素对NB细胞的影响，包括细胞黏附、迁移、侵袭及基因表达的变化。同时进行转录组和蛋白组分析，发现涉及细胞迁移的关键蛋白OLFM1在细胞转移中发挥重要作用。

案例二：

研究主题：通过转录组和蛋白质组的比较，揭示了低温对大蒜变绿的调控机制

发表期刊：Food Research International

研究内容：分析不同贮藏温度下大蒜样本，探讨低温对基因和蛋白质表达的影响，发现关键通路在低温调控大蒜绿化中的作用。结合qPCR验证关键基因的表达水平，实验设计完整。

总之，结合MILE米乐的转录组与蛋白组分析，可揭示基因表达与功能之间复杂的关系，帮助精确定位功能基因及其相互作用网络，从而为后续研究提供更深入的生物学洞见。

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