硬纤维瘤，亦称为侵袭性纤维瘤病，是一种局部侵袭性肿瘤，尽管不具备转移能力，但复发率较高，严重影响患者的生活质量。目前针对硬纤维瘤的分子层面研究仍显不足，从而限制了患者的治疗选择。本研究旨在开发新的硬纤维瘤预后标志物，并验证先前发布的相关标志物，同时深入探讨硬纤维瘤在基因组、表观基因组及转录组层面的分子异质性，为精准治疗提供理论依据。

研究方法

我们对20例原发性硬纤维瘤的31个样本进行了RNA-seq分析，发现14个在复发与未复发患者之间差异表达的基因。然而，这些基因在患者组内及同一肿瘤不同区域的表达高度可变。同时，验证了两项先前研究中的预后基因表达特征，发现不同患者及同一肿瘤内这些基因的表达存在显著异质性。例如，在Salas研究的36个基因特征中，仅有FECH基因在复发和非复发肿瘤中存在显著差异表达；而在Kohsaka研究中发现的IFI6和LGMN基因在本研究中并未显示出复发相关的差异表达。

研究结果

进一步，通过免疫组化（IHC）在蛋白水平验证了这些标志物的可变表达，且与局部复发并无明显关联，进一步证明了基于基因表达特征的预后分类受到肿瘤取样区域的影响。

我们发现患者1的原发性和复发性肿瘤均携带CTNNB1基因的T41A突变，复发性肿瘤的两个区域额外存在S45P突变，其突变的变异发生频率不同。系统发育分析显示，原发性肿瘤存在三个不同的亚克隆，而复发性肿瘤则形成两个新亚克隆，且复发性肿瘤共享PTP4A1基因突变，其RNA表达低于原发性肿瘤中野生型区域。分析还显示，原发性和复发性肿瘤在DNA拷贝数上变化较小，但在DNA甲基化和转录组谱上存在显著差异。

在患者2的病例中，原发性和复发性肿瘤均携带CTNNB1 T41A突变，第三次复发肿瘤出现了三个新的DNA突变（MKI67、MYOF和HAUS1），其中MYOF突变在RNA-seq分析中得到了证实，而HAUS1的亚克隆突变在第二次复发肿瘤的一部分区域也有发现。

研究总结

本研究首次全面揭示了硬纤维瘤在基因组、表观基因组和转录组层面的高度肿瘤内及肿瘤间异质性，指出基于单肿瘤活检的分子分析可能低估了硬纤维瘤的分子变化程度，其预后转录组特征易受到取样偏差的影响。此外，复发性硬纤维瘤在原发性肿瘤中并不存在的多种分子变化的获取，提示肿瘤在发展过程中出现了分子进化，这对药物研发和生物标志物的验证具有重要意义。

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