文章题目：肠道变性组织的时空基因组谱分析揭示了胃癌进展的克隆动态
发表时间：2023年第12期
期刊名称：癌症细胞
影响因子：5.03
实验平台：单细胞测序、GeoMx DSP、全外显子测序（WES）、批量RNA测序
面板：定制胃癌面板（277个基因，来源于TCGA及其他研究中涉及胃、食道和结直肠癌的突变基因）

样本信息

① 患者信息：2,980名年龄在50岁及以上的中国患者
② 时间跨度：2004年到2015年
③ 取样区域：多个胃区域（幽门、胃体、贲门）

单细胞空间组学的应用

在本研究中，采用单细胞测序技术对10名没有癌症的受试者进行了scRNA-seq分析，识别出4个主要的细胞群，包括胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群和基质细胞群。重点对胃和肠的谱系进行了亚群注释，确认了2种胃细胞及4种肠细胞。细胞比例分析表明，肠道细胞和胃细胞的比例减少与肠道变性（IM）的严重程度相关。其中，SOX9在某些细胞类型（胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中表达增高。

GeoMx DSP分析

研究中选用了8个胃癌患者的组织切片进行GeoMx DSP检测，并与单细胞RNA测序数据结合，以确定细胞类型的空间分布。每个IM区域被标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析显示，干细胞显性IM区域过表达氧化磷酸化基因集，并在胃癌区域中具有显著表达。通过对肠干细胞和肠细胞的标记物进行分层聚类，结果表明，干细胞显性IM与恶性细胞群表现出相似的表达特征，而肠细胞主导型IM与胃癌则表现出明显的异质性，进一步指示在同一受试者中IM具有显著的变异性。

文章总结

本研究通过创新的单细胞空间数据分析方法，确认了肠道细胞和胃细胞与IM的严重程度之间的相关性，发现干细胞显性IM与恶性细胞群具有相似的表达特征，其中MILE米乐所提供的先进技术支持了这一重要发现，助力我们更深入地理解胃癌的进展机制。